藤井自從今年1月8日對JT広島的第1局比賽後便未再上陣，他在IG表示，由去年年底的比賽開始眼睛感到不適，情況一直未有改善，為查明原因於是入院檢查，結果發現有胃癌，而眼睛的問題可能是因為胃癌轉移到腦部的影響，而且轉移的位置還可能擴散到身體其他地方，因此診斷為胃癌第4期。
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藤井對這麼遲才向擔心他的大家作出報告感到抱歉，但請大家理解因為他和家人都需要時間整理心情。藤井自言當初得悉診斷結果時很驚訝、不安、可怕，產生諸般情緒，但在家人、隊友的溫暖支持下，已經帶著積極向前戰勝病魔的頑強鬥志，他知道這不是簡單能克服的疾病，但他有無可替代、一起作戰的同伴，溫暖而堅強的家人，以及為他大量打氣的每一位，他會把大家強大的能量化為力量，必定使自己回復健康。
photo credit : FIVB
藤井表示接下來會離開排球一段時間，但希望這次與病魔戰鬥的經歷，會對他今後人生有正面幫助，他會變成更好的人回來。最後藤井在IG追記，指自己在近期缺陣期間完成了頭部的放射治療，明天開始會以抗腫瘤藥治療癌症，他會帶著堅強的意志努力，請大家支持他。
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現年30歲的藤井，2014年於順天堂大學畢業後加入東麗箭，2016-17賽季協助球隊重奪聯賽冠軍，他也入選「最佳6人」。由2017年開始，藤井入選日本男排代表，曾獲選亞錦賽最佳舉球員，其後也出戰世錦賽、世界盃、奧運。去年夏天東京奧運後，藤井與前日本女排代表，位置同樣是舉球員的佐藤美彌結婚。
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